MDGrape-3
MDGrape-3 — суперкомпьютер, предназначенный для решения задач молекулярной динамики, в частности моделирования сворачивания белков. На момент ввода в эксплуатацию обладал рекордной теоретической производительностью около 1 петафлопса (10^15 операций в секунду).[1]
История
MDGrape-3 был разработан в японском исследовательском институте RIKEN (Йокогама) при технической поддержке SGI Japan и японского подразделения Intel.
Проект был официально представлен 24.июня.2006, и на тот момент это был первый специализированный суперкомпьютер, достигший петафлопсного уровня производительности.[2]
Устройство
В основе MDGrape-3 лежат процессоры MDGrape-3, изготовленные фирмой Hitachi, каждый из которых обеспечивает производительность около 230 Гфлопс. Один вычислительный модуль содержит 24 таких процессора, а вся система состоит из 201 модуля.
Главное управляющее ядро системы построено на серверах Intel Xeon. Использовались два кластера:
- кластер из 64 параллельных серверов с двухъядерными процессорами (всего 256 ядер) Intel Xeon (архитектура Dempsey),
- кластер из 37 серверов (74 одноядерных процессора Xeon 3,2 ГГц).
Объединение всех узлов в единую массивно-параллельную систему осуществляла компания SGI Japan.[3]
Особенности
- MDGrape-3 был ориентирован исключительно на задачи молекулярного моделирования, в частности — вычисление взаимодействий атомов при белковом сворачивании.
- В отличие от универсальных суперкомпьютеров, он не мог эффективно выполнять тест Linpack, который используется для составления рейтинга TOP500. Поэтому MDGrape-3 не включён в этот список, несмотря на рекордную производительность.[4]
- На момент запуска он в 2,7 раза превосходил по скорости универсальный суперкомпьютер IBM BlueGene/L, находившийся в Ливерморской национальной лаборатории.
См. также
Источники
- ↑ RIKEN develops MDGRAPE-3, the world’s first petaflops special-purpose computer. RIKEN (23 июня 2006). Дата обращения: 28 сентября 2025.
- ↑ Special-purpose computer surpasses world's fastest supercomputer. ScienceDaily. 23 июня 2006. Дата обращения: 28 сентября 2025.
- ↑ MDGRAPE-3: A Petaflops special-purpose computer for molecular dynamics simulations. RIKEN. Дата обращения: 28 сентября 2025. Архивировано 20 февраля 2007 года.
- ↑ Motoyama, S. (2008). Special-purpose computers for molecular dynamics: MDGRAPE-3. Philosophical Transactions of the Royal Society A. 366: 331–339. doi:10.1098/rsta.2007.2095.
- Берд К. «Суперпараллельные вселенные» // журнал «Компьютерра» № 25–26 от 11 июля 2006.
- RIKEN develops MDGRAPE-3, the world’s first petaflops special-purpose computer. RIKEN (23 июня 2006). Дата обращения: 28 сентября 2025.
- Special-purpose computer surpasses world's fastest supercomputer. ScienceDaily. 23 июня 2006. Дата обращения: 28 сентября 2025.
- Motoyama, S. (2008). Special-purpose computers for molecular dynamics: MDGRAPE-3. Philosophical Transactions of the Royal Society A. 366: 331–339. doi:10.1098/rsta.2007.2095.